Het Zorginstituut is beheerder van het Zorgverzekeringsfonds (Zvf), het Fonds langdurige zorg (Flz) en het Algemeen Fonds Bijzondere Ziektekosten (AFBZ). Het Zvf omvat de geldstromen onder de per 1 januari 2006 ingevoerde Zorgverzekeringswet (Zvw). Het Flz omvat de geldstromen onder de per 1 januari 2015 ingevoerde Wet langdurige zorg. Het AFBZ is per 1 januari 2023 afgesloten.